เป็นโรคหนึ่งที่มีความสำคัญและรุนแรงที่สุดในบรรดาไข้สมองที่เกิดขึ้นในแถบทวีปเอเชีย มียุงรำคาญเป็นพาหะนำโรคจากสัตว์ (เช่น หมูและนกป่า) ที่มีเชื้อไวรัสไข้สมองอักเสบเจอีมาสู่คน
ผู้ที่ได้รับเชื้อไวรัสไข้สมองอักเสบเจอี ส่วนใหญ่จะไม่แสดงอาการบางรายอาจมีเพียงไข้สูง ปวดศีรษะ คลื่นไส่ อาเจียน ท้องเสีย ส่วนผู้ที่มีอาการรุนแรงจะมีอาการคอแข็ง กระตุก สั่น ชัก และอัมพาต ในแต่ละปีมีรายงานผู้ป่วยติดเชื้อไวรัสไข้สมองอักเสบเจอีจำนวน 30,000 ถึง 50,000 คน อัตราตายสูงถึงร้อยละ 10-20 และประมาณ 2 ใน 3 ของผู้รอดชีวิตจะมีความพิการทางสมองตามมา
สำหรับประเทศไทยยังพบผู้ป่วยจากโรคไข้สมองอักเสบเจอีทุกปีและพบได้ในทุกจังหวัดของประเทศไทย ยกเว้นบริเวณกลางเมืองของกรุงเทพ ปัจจุจบันยังไม่มียารักษาหรือวิธีการรักษาที่เฉพาะเจาะจงดังนั้นการปัองกันโรคจึงเป็นสิ่งสำคัญซึ่งทำได้โดยการให้วัคซีนแก่เด็กอายุตั้งแต่ 1 ปีขึ้นไป
ประเทศไทยเริ่มมีการให้วัคซีนป้องกันโรคไข้สมองอักเสบเจอีเป็นวัคซีนพื้นฐานฉีดให้แก่เด็กไทยตั้งแต่ปี พ.ศ. 2533 วัคซีนที่ให้เป็นวัคซีนเชื้อตายที่ผลิตได้จากการเพาะเลี้ยงไวรัสเจอีในสมองหนู โดยมีโปรแกรมการฉีด 3-4 เข็ม วัคซีนดังกล่าวมีประสิทธิภาพดี แต่การให้ซ้ำหลายๆ ครั้ง โดยเฉพาะถ้าเกินกว่า 5 ครั้ง มีโอกาสทำให้เกิดปฏิกิริยาข้างเคียงทางสมองได้
ปัจจุบันมีวัคซีนป้องกันโรคไข้สมองอักเสบเจอีรุ่นใหม่ซึ่งได้มีการพัฒนาขึ้น โดยเป็นวัคซีนเชื้อเป็นอ่อนฤทธิ์ เพาะเลี้ยงไวรัสในเซลล์แทนการเพาะเลี้ยงในสมองหนู วัคซีนรุ่นใหม่นี้เป็นวัคซีนที่มีความปลอดภัยสูงและมีประสิทธิภาพดีในการปัองกันโรค การรับวัคซีนเพียง 1-2 เข็มก็สามารถกระตุ้นร่างกายให้สร้างภูมิคุ้มกันโรคได้ถึงร้อยละ 95-100 ของผู้ที่ได้รับวัคซีนทั้งหมด
ดังนั้นในขณะนี้ประเทศไทยมีวัคซีนป้องกันโรคไข้สมองอักเสบเจอีให้เลือกใช้ 2 ชนิด1.วัคซีนป้องกันโรคไข้สมองอักเสบชนิดเชื้อตาย (ประเทศผู้ผลิตมีแนวโน้มจะเลิกผลิตในอนาคตใกล้นี้)
2.วัคซีนปัองกันโรคไข้สมองอักเสบชนิดเชื้อเป็นอ่อนฤทธิ์ เพาะเลี้ยงในเซลล์
ผู้ที่ควรได้รับการฉีดวัคซีนป้องกันโรคไข้สมองอักเสบเจอีนอกจากจะเป็นกลุ่มเด็กแล้ว นักท่องเที่ยวจากต่างประเทศที่จะเดินทางไปในประเทศที่มีการระบาดของโรคสูง ได้แก่ประเทศในแถบเอเชีย รวมทั้งประเทศไทย โดยเฉพาะเมื่อต้องการอาศัยนานกว่า 2 สัปดาห์ ควรจะได้รับวัคซีนนี้ด้วยเช่นกัน